职能型组织为实施项目化管理，将现有组织构架改造成项目型组织构架，还是矩阵型组织构架，完全取决于企业的文化及行业或业务特性，并没有孰优孰劣之分。这种组织构架的重组变革，开始时往往给组织的运营带来一定的影响，主要体现在以下几个方面：
（1）新的组织构架以项目为中心，项目团队是一个临时性的团队，项目完成后，团队成员将会被解散或加入另一个项目团队。如何培养项目成员对项目目标的忠诚度，将是团队建设的一项重要任务。
（2）矩阵组织中的双重汇报关系和汇报关系的临时性，开始时可能使很多员工和部门经理都不大适应，在员工日常管理、激励和绩效评估方面都有一个磨合的过程。
（3）项目经理与部门经理的合作关系和权利结构需要一定的时间去适应，在项目优先级等问题上项目经理可能与部门经理有着不同的看法。
（4）在项目人力资源安排上，由于各自的出发点有所不同，项目经理可能难以从职能部门得到最合适的人员。
在职能型组织中实施项目化管理，有很多成功的例子，也有很多失败的教训，阵痛是不可避免的。组织的管理层要有一个通盘考虑，逐步推进，不要盲目冒进，应尽量遵循以下的流程：
（1）管理层应就在本组织中实施项目化管理达成共识，包括项目组织的形式，是采用弱矩阵型组织，平衡型矩阵组织，强矩阵型组织，还是项目型组织。组织构架变革从哪些业务开始试行，进度计划如何等。
（2）定义好项目经理的角色和职责和权力，与职能部门经理的合作关系及权利关系。
（3）事先在组织内部进行项目管理知识、技能方面的培训，使员工对项目及项目管理有一定的了解。在项目管理培训方面，对项目经理应有更高的要求。
（4）在人力资源管理、调配、绩效评估方面建立相应的流程以支持项目化管理的运作。
（5）在财务管理方面建立相应的以项目为结算单位的财务管理体系。
（6）先选择一、二个规模较小、耗时不太长（如1-2个月），费用不太大项目作为试点，要求项目经理完全按项目管理的流程开展项目活动，启动项目，制定计划、实施计划、项目控制、项目收尾等过程走上一、二遍，在此过程中，相关人员、部门通过实战的磨合，开始形成新的合作方式，熟悉自己在项目中的位置和职责。
（7）在试行阶段项目后评审是不可缺少的，管理层应组织这个会议，与项目经理和项目成员一道回顾项目所走过的历程，总结经验教训，并正式形成项目化管理的组织形式、涉及的业务范围及运作流程的书面文档。
（8）发布正式文件，宣布新的项目化管理的组织形式、运作流程正式生效，项目化管理运作就正式开始了。
在职能型组织中实施项目化管理是企业求得生存的必由之路，这种变革的过程本身就是一个项目，我们应该合理规划，逐步实施，尽量减少因这种转变带来的不适应给组织的运营带来不利影响。
